Desde enero de 2005, Ferrovías S.A.C. participa con el 33,33% de las acciones en la Unidad de Gestión Operativa Ferroviaria de Emergencia (U.G.O.F.E. S.A.) que opera la línea Ferrocarril General San Martín y, desde mediados de 2007, también las líneas General Roca y Belgrano Sur.

Ésta es la mayor operadora ferroviaria de pasajeros de la Argentina. Durante 2007 las tres líneas en conjunto transportaron más de 158 millones de pasajeros.

Este año, la U.G.O.F.E. inició un plan de mejoras que se enmarca dentro del Plan Nacional de Inversiones Ferroviarias (PLANIFER). Algunas de las más relevantes son el aumento en la capacidad de transporte a raíz de la incorporación de locomotoras y coches para las líneas San Martín y Belgrano Sur, y la electrificación de la línea Roca, así como obras de mejoramiento de vía, automatización de los sistemas de señalamiento y construcción de pasos bajo nivel.